Riesenchromosomen, die vor allem in den Speicheldrüsenzellen von Dipterenarten (z.B. Gatt. Drosophila, Chironomus) bis zu 250 µm langen und bis zu 10 µm dicken Chromosomen, bei denen sich die Anzahl der Chromatiden durch Endomitose vertausendfacht hat und homologe Strukturen in Längsrichtung aneinander liegen. Die Chromomere der einzelnen Chromatid-Fäden werden als typische Querbandenstruktur sichtbar (Bänderungstechniken) ( vgl. Abb. ). Werden die Gene bestimmter Querbanden aktiv, kommt es durch Entwindung der DNA zu Auflockerungen der sonst kompakten Struktur, die als Puffs bezeichnet werden. Sie sind die Orte, an denen eine intensive Transkription erfolgt. Die Untersuchung von Riesenchromosomen gestattet auch, die lineare Anordnung von Genen zu bestätigen, Mutationen mikroskopisch sichtbar nachzuweisen und über Veränderungen des Bandenmusters evolutionäre Änderungen zu verfolgen.

Riesenchromosomen: Riesenchromosomen aus einem Speicheldrüsenzellkern des Weibchens von Drosophila melanogaster. Die Chromosomen sind mit ihren heterochromatischen Teilen in einem Chromozentrum (Chz) verklebt, sodass alle Chromosomen zu einem vielarmigen Gebilde vereinigt sind. Die Chromosomen sind nummeriert (I ist das X-Chromosom). Von II und III sind je ein rechter (R) und linker (L) Schenkel zu sehen. Die übrigen Bezeichnungen beziehen sich auf Querscheiben in Puffbildung