Domänenaustausch, (engl. domain swapping), ein molekularbiologischer Versuchsansatz, bei dem Domänen von Proteinen untereinander vertauscht oder mit Domänen anderer Proteine gekoppelt werden. Im Allgemeinen erreicht man dies durch in-vitro-Kombinationen der zugrunde liegenden codierenden DNA-Bereiche der entsprechenden Gene und Expression in Bakterien.